Noha az volt az álma, hogy jóbarátjával, Lionel Messivel játsszon egy klubban, ezért igazolt nyáron a Barcelonába, mindezt nem tudta valóra váltani. Ugyanis előbb az immár hétszeres Aranylabdás távozott a katalánoktól, míg most a 33 éves játékos jelentette be, búcsút int az aktív pályafutásának.
„Köszönöm az Atlético Madridnak, hogy tizennyolc éves koromban megadta nekem a nagy esélyt, és köszönöm a Manchester Citynek, nem kell elmondanom, hogyan érzek a klub iránt és hogy mennyire jól bántak velem mindig is. Emelt fővel fejezem be, meg kellett hoznom ezt a döntést az egészségem érdekében” – fogalmazott Agüero.
A csatár október végén az Alavés elleni bajnoki meccs első félidejében szédülésre és mellkasi fájdalmakra panaszkodott, ezért le kellett cserélni. Kiderült a kórházi vizsgálatok során, hogy szívritmuszavarai vannak, így karrierjének befejezésére kényszerült. A Barcában összesen öt meccsen 165 perc jutott, ám a Real elleni El Classicon ő rúgta csapata gólját.
A 101-szeres válogatott futballista legemlékezetesebb találatát a Manchester City színeiben érte el – a klub játékosaként 390 tétmeccsen 260 gólt lőtt –, amikor a 2011–2012-es idény utolsó meccsén, a QPR-nek a 94. percben lőtt góljával bajnoki címhez segítette a csapatot. Hazája színeiben 2008-ban az olimpián, idén nyáron a Copa Américán akasztottak aranyérmet a nyakába.