Az osztrák birodalom önmagában nem volt képes leverni a magyar szabadságharcot, ám Ferenc József segítségére sietett a később Európa csendőre nevet kivívó I. Miklós orosz cár. Egy biztos, az oroszok gyors győzelmekre, könnyen megszerezhető dicsőségre számítottak, ám az események mégsem egészen a várakozásoknak megfelelően alakultak.
Ebben nagy szerepe volt a cár hadaival szembekerülő két honvéd tábornoknak, a fősereg élén álló Görgey Artúrnak és az Erdélyt védő Bem Józsefnek. Ők a kétségbeejtő helyzetben sem adták fel a küzdelmet addig, amíg a legkisebb lehetősége megvolt annak, hogy katonai erővel hozzájárulhatnak a szabadságharc végkimenetelének alakításához. Azonban az ellenállás így is csak két hónapig tartott.
Mindenesetre 1849. augusztus 13-án tette le a fegyvert a Görgey Artúr vezette feldunai hadtest Paszkevics főherceg, az orosz intervenciós erők főparancsnoka előtt. Görgey Rüdiger lovassági tábornok vezérkari főnökével Frolov tábornokkal tárgyalta meg a fegyverletétel idejét, módját és egyéb körülményeit , de Paszkevics cári utasításra elzárkózott a politikai tárgyalásoktól.
Az, hogy a magyarok az orosz cár hadainak adták meg magukat, nagy sértés volt a császári oldal számára. Paszkevics augusztus 16-án Ferenc Józsefhez írt levelében megbocsátásra biztatta az osztrák császárt.
„Hangozzanak el felséged trónusának magasából a megbocsátás és feledés szavai” – írta az orosz fővezér, majd ugyanezen a napon maga I. Miklós is hasonló hangú és tartamú levelet küldött a császárnak, bár ebben a büntetésre való bíztatás ott található: „Kegyelmet a megtévedteknek, barátod kéri ezt számukra; és érdemük szerint bánni a felbujtókkal, az országot nyomasztó bajok okozóival.”
Az ifjú Ferenc József személyesen érezte sértve magát tisztjeinek hűtlensége miatt, amit csak tetézett az a tény, hogy Görgey tudatosan az oroszok előtt tette le a fegyvert, ezzel a megbánásnak még a látszatát is kerülve. Az akkori udvari hangulatot jól idézi fel az az állítólagos anekdota, miszerint Schwarzenberg miniszterelnököt arra figyelmeztették, hogy a magyarok érzelmeit kegyelemmel kellene megnyerni, állítólag a következőket mondta: „Ez így igaz, azonban még előtte akasztunk egy kicsit”
1849. október 6-án kezdődött meg a szabadságharc elitjének fizikai megsemmisítése. Ezen a napon végezték ki Pesten Gróf Batthyány Lajos miniszterelnököt és Fekete Imre gerillaszázadost. Aradon a honvédsereg 12 tábornoka és egy ezredese vált a szabadságharc mártírjává.
Ezt követően október 25-éig további 12 személyt végeztek ki. Báró Perényi Zsigmond az 1848-as országgyűlés felsőházának elnöke volt, aki a Függetlenségi Nyilatkozatot aláírásával is hitelesítette. Csány László és Jeszenák János báró kormánybiztosként tevékenykedett, a fiatal Szacsvay Imre a képviselőház jegyzőjeként részt vett a Függetlenségi Nyilatkozat megszerkesztésében, s aláíróként is ott szerepelt. Mieczyslaw Woroniecki és Karol’ d Abancourt, valamint Peter Giron külföldiként állt a magyar szabadságharc szolgálatába. Együtt mentek a bitófa alá 1849. október 20-án.
A nyelvújító Kazinczy Ferenc fiának, Kazinczy Lajos ezredesnek 1849. október 25-i kivégzése után 1850 januárjáig nem volt több halálos ítélet végrehajtás. Ezt követően 1850. január-februárjában még 15 személyt végeztek ki, közülük Ludwig Hauk alezredest, ki a szabadságharc katonai elitjéhez tartozott. Kolosy György honvédszázadost pedig Lamberg altábornagy meggyilkolásának vádja miatt végezték ki.